När jag tittar närmare ser jag tydligt att det är en 6-pinnars kapsel som förstörts alldeles intill den 6-poliga stiftlisten.
Nedan (lånad bild) syns komponenten till höger om stiftlisten längst ner:

Hur kan jag identifiera komponenten? Jag tycker att det står "724.." på kapseln.
Finns det schema över AVR-ISP MkII eller någon annan ledtråd?
Annars är det väl bara att slänga den...

EDIT: eller kan man använda den 10-poliga kontakten till höger om USB-kontakten? Den kanske fungerar?