Jag lyckades tillslut lösa det, om det är någon annan som har samma problem är här en miniguide:
Konfigurera skrivaren för GT2 20-tooth
1. Ladda ner Arduino IDE
2. Ladda ner Firmware-Marlin filen från vellemans hemsida
3. Öppna filen "Marlin" som är en fil i den mappen du nyss laddade ner
4. Du får då upp en massa flikar i Arduino programmet, välj fliken "configuration.h"
5. Ta bort "//"-tecknena fram #define CHITCHAT (tryck ctrl-F för att söka efter raden)
6. Ändra DEFAULT_AXIS raden till 80, 80 istället för 64.25 64.25 (eller 100 om du har GT2 16 tetth)
7. Kompilera arduino koden för att se att inget är fel
8. Använd en skruvmejsel för att kortsluta pinnarna JPROG på kretskortet (detta tillåter skriivning till kortet)
9. Tryck på upload i arduino och håll kvar skruvmejseln till programmet är helt överfört (slutar blinka och är klart i datorn)
Tänk på att välja rätt COM-port i arduino, och välj även AtMega kortet (detta föreslår även arduino IDE då problemet uppstår).
Tadaa, hoppas detta gör att ingen annan behöver googla lika mycket som jag
