Ursäkta att nedanstående inlägg nog är extremt rörigt, jag har skrivit medan jag tänkt och ett par gånger gått tillbaka och kompletterat det jag redan skrivit. Säg till om jag skrivit för snurrigt så kan jag försöka "renskriva".

Jag röstar för att du borde börja med att få stoppknappen att fungera. Den kräver att 24V-matningen till instrumentpanelen är korrekt, men kräver i stort sett ingenting mer. Om den inte fungerar så finns det stor chans att mycket annat också strular.
Är startknappen direkt vid motorn rätt kopplad, eller är den kanske ändrad för att "det var nåt fel så vi ändrade lite" så att säga?
Det verkar vara säkring både på plus (P1-27) och minus (P1-25) för manöverströmmen. Om säkringen för minus är trasig men det på något sätt "läcker in" en svag jord via nån backström så kan instrumenten nog fungera då de är ensamma om att dra ström. När du trycker på stoppknappen så räcker inte nån läckström till utan instrumentpanelens jord lyfts via stoppreläet R2:s spole upp till nära plusnivå varpå visningen blir knas. Fast det borde bli samma fel både för oljemätaren och tempmätaren. Det kanske är långsammare instrument för oljemätaren och/eller instrument som är kopplat så att de inte ger utslag vid det felaktiga driftfallet? Ur instrumentets perspektiv så kommer det alltså, när du trycker på stopp, ligga 24V på plus och nära 24V på minus medan givaren är kopplad till riktig jord, d.v.s. nära 24V längre ner än det som ska vara jord på instrumentet. Den här typen av fel bör synas på att instrumentpanelbelysningen lägger av medan du håller stopp intryckt. Om belysningen inte syns i dagsljus så koppla provisoriskt in en "riktig" lampa. (Ja, det skadar ju inte att ha en mer permanent indikering på att brytaren är på. Jag tycker för övrigt det är rätt bra att ha en liten vanlig glödlampa för att hålla koll på batteriernas skick när man kör startmotorn o.s.v., förvisso har jag aldrig pysslat med båtar och heller aldrig med diesel men på en vanlig personbil som jag misstänker kan vara tjurig att starta så tänder jag alltid kupébelysningen för att se hur batterispänningen gungar när startmotorn jobbar).
I schemat så ser man också att batterispänningen går rakt av via säkringarna P1-27 och P1-25 till nyckelbrytaren och vidare till stopp-knappen och fram till stoppreläet R2. När det reläet drar så driver det stoppmagneten/stoppsolenoiden. Den matningen är avsäkrad via P1-26 (plus) och P1-24 (minus).
Man kan se att startmotorn matas via reläet R3 som enligt ritningen får plus via P1-27 och nyckelbrytaren och aktiveras genom att via olika brytare få jord från nyckelbrytaren och P1-25. Det intressanta är dock att reläet i sin tur matar startmotorns solenoid via samma säkring, P1-26, som stoppsolenoiden. Både start och stopp delar alltså säkring för plus (P1-26) men endast stopp har minus avsäkrad (P1-24).
Den där 41 som du skruvade fast på plats 11 i plinten hamnade nog på rätt ställe. Vad jag kan se ur ritningen så är det givaren för kylarvätskenivåvarning. Om det ens finns en sån givare så har den kanske strulat och nån bara kopplat bort kabeln. Märkligt att nån brytt sig om det dock eftersom just den varningen inte verkar vara kopplad till summern utan bara till en lampa.
Jag såg/tänkte/skrev fel förut, det verkar inte finnas nåt autostopp utan det är bara en larmutgång, via relä R1, som tillfälligt ska stängas av när någon av startknapparna hålls inne. Fast denna larmutgång kanske matar något annat stopp eller så är kopplingen ändrad? En sån ändring kan ju typiskt vara nåt som får andra grejer att bli konstiga. Inte för att vara elak mot fordonselektriker men nackdelen med att de här äldre grejerna är relativt enkla är också att folk som inte riktigt begriper kan ha hygglig tur och få saker att "fungera" skapligt fast det inte blir riktigt rätt...
En intressant grej är att startknappen på instrumentpanelen är kopplad så att det bara går att köra startmotorn så länge som generatorn driver laddningsvarningslampan. Om laddningsvarningen inte fungerar så kommer det inte gå att starta från instrumentpanelen. Den vid motorn verkar dock alltid gå att dra igång. Det är väl rätt smart tänkt när det fungerar. Nere vid motorn lär man ju inte missa att motorn är igång men vid panelen kan man kanske tro att det är båten invid som har motorn igång och av misstag trycka på start fast motorn redan går. Här kan vi ju dock konstatera att det är ingen idé att felsöka startknappen vid panelen (om den ens strular?) utan att först veta att laddningsvarningen fungerar.
När jag tittat mer på schemat, läst det du beskrivit igen och tänkt lite mer så kommer jag fram till att det måste vara nåt knas om det bara är tre ledningar fram till tempbrytaren och tempgivaren. Däremot kanske en fjärde kommer på något annat sätt och har "ramlat bort"? Det är en separat signalkabel för tempbrytare, oljebrytare, eventuell tryckvakt backslag och eventuell kylarvätskebrytare. Två signalkablar till varvtalsgivaren, en signalkabel för temperaturgivaren och en för oljetryckgivaren. På det en gemensam jord för alla analoga givare (varvtal, temp, tryck) och en annan gemensam jord för alla brytare (olja, temp, backslag, kylarvätska). Det kan alltså gå signaljordkablar mellan de olika givarplatserna och det kan ju någon ha mixtrat med.
Om avståndet mellan panelen och motor/batteri är längre än mätkablarna på en multimeter så vore det nog en bra idé att göra en "skarvsladd" med två batteriklämmor, säkringar på båda ledarna direkt invid klämmorna, och i andra änden nåt som funkar bra att ansluta en multimeter till (bananuttag, isolerad bananhane eller liknande) så det blir lättare att mäta rätt.
En idé för att enklare felsöka utan att behöva dra igång och stoppa motorn en massa gånger kan vara att ta ur säkringen P1-25. Då ska allt "fungera" på så sätt att alla instrument och lampor visar rätt och alla reläer slår om som väntat, men både startmotorn och stoppsolenoiden blir strömlösa, d.v.s. motorn varken startar eller stannar.
P.S. obs att de där billiga kablarna med krokodil i varje ända, som ofta säljs i 10-pack, ibland har så tunn ledare att man inte ens märker att de brinner sönder om man drar för mycket ström i kabeln. Jag provkörde en trasig 12V bildörr-fönsterhissmotor genom en sån kabel och det blev avbrott på kabeln utan att det syntes något på den...