Jag inser givetvis svårigheten att ändra ifall t.ex. avlopp och liknande redan är draget. Om det däremot ändå blir borrning rakt genom golvet och synliga avloppsrör i taket på källaren ("nedre delen av huset"

Jag skulle föreslå att ha toaletten i ett av de två hörn som är längst bort från trapphus/fikarum, då tar den upp minimalt med utrymme. Det går att ha maskiner längs fönsterväggarna på båda sidor av toaletten om dörren placeras "rätt". En klar bonus med att bygga så är att toaletten får ett fönster. Med tanke på hur det kan lukta på en toalett så kan kanske ett öppningsbart fönster vara en bra idé här?
Sorry ifall du redan visat ritningar där toaletten synts och jag inte reagerat på detta då.
T.ex. såhär: P.S. är det gråa utanför toan ett större handfat (vask) för att tvätta händer och annat i? I så fall kan det kanske sitta på väggen mellan dörren till trapphuset och dörren till fikarummet. Där finns ju redan vatten+avlopp till köket på andra sidan väggen, och det är väl en typisk väggyta som är svår att använda till något annat.
Vad gäller högtalare till stereo så skulle jag nog tipsa om att sätta dem på något ställe där ni sällan går riktigt nära. Hur man än gör så blir det i princip alltid klart starkare ljud närmast högtalare, men sedan kan det vara "lagom" inom ett rätt stort område förutom just närmast högtalarna. Jag skulle nog placerat dem i takhöjd eller möjligtvis nere vid golvet.
Tänk förresten på att rita in var eventuella rör kommer att gå upp till övervåningen. Kall/varmvatten, elledningar o.s.v. tar rätt lite plats, men avlopp framförallt till toalett men även handfat/kök tar mer plats. Jag antar att planen inte är att gå ner i verkstaden varje gång du behöver gå på toaletten när du är i lägenheten på övervåningen?

En bra idé är väl också att rita in hyllor & co.
P.S. hur mycket damm/skräp blir det vid bearbetningen? Kan det kanske vara läge att dela av rummet på något sätt så att damm/skräp inte sprider sig i för stort utrymme?
Det kan gå att göra rätt bra avdelningar med bara ett rör i taket som man hänger en skjutbar "gardin" i, som täcker allt från tak till golv.